با توجه به این که زگیل انواع مختلف دارد و نقاط مختلف پوست و مخاط را گرفتار می‌کند و هم‌چنین بسته به تعداد ضایعات در نقاط مختلف بدن، درمان‌های متفاوتی برای زگیل وجود دارد. البته لازم به تأکید است که هیچ کدام از روش‌های درمانی، پاسخ 100درصد نمی‌دهند و احتمال عود زگیل حتی با کلیه روش‌های درمانی وجود دارد. برای درمان زگیل معمولی که بیش‌تر پشت دست‌ها و پاها دیده می‌شوند و یا زگیل‌های کف پا می‌توان از روش‌های زیر استفاده کرد:

1- استفاده از محلول‌ها یا پُمادها و چسب‌های ضد زگیل

2- کرایوتراپی یا فریز کردن ضایعات

3- سوزاندن ضایعات

4- لیزر کردن ضایعات

5- استفاده از مواد سوزاننده 

6- تزریق آمپول بلئومایسین برای فرم‌های مقاوم بزرگ کف پا